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견학원시에 사는 평범한 여중생 카나메 마도카는 마법소녀가 되어 마녀와 싸우는 소녀들의 존재를 알게 되며 그 싸움에 휘말린다. 동료들이 스러지는 모습에 "모든 마녀를 태어나기 전에 소멸시키고 싶다"고 소원을 빌어 초월적 존재가 된 마도카로 인해 세계는 마녀가 존재하지 않는 것으로 다시 쓰이지만, 그 뒤틀린 일상을 끝내려는 존재가 나타나며 새로운 이야기가 시작된다. 전작 "반역의 이야기"의 정통 후속작이다.